使用MolCalc在线工具轻松构建分子的3D结构

278天前 · 网络资源 · 分子模拟 · 651次阅读

引言

在计算化学研究领域,我们经常需要绘制、构建不同的分子结构。除了平面2D结构之外,我们经常需要构建更加直观的分子3D结构。

目前比较流行的构建分子3D结构的程序有:

• GaussView - 最好用趁手、但是收费
• IQmol - 免费程序、易用度尚佳、但可以导出的文件格式有限
• Avogadro - 免费程序、不太容易用
• PyMOL - 免费开源、鼠标操作要求较高

MolCalc

本文介绍一个基于JSmol的在线服务 MolCalc (https://molcalc.org/),它由哥本哈根大学 Jan H. Jensen 课题组研发。使用它可以非常方便地在浏览器里直接编辑构建3D分子结构。笔者调研搜索了无数的资料,目前只找到这一个可以在网页上直接编辑分子3D结构的服务。

MolCalc的界面展示:

molcalc.jpeg

画好结构之后,这个服务允许用户调用GAMESS进行一些简单的量子化学计算。
假如我们只想把结构保存下载下来该怎么做呢?我们在页面上找不到相应的按钮,怎么办?不要慌,此时我们用右键点击画图区域,在弹出的菜单里选择 Console, 然后输入 write mol1.sdf 或者其他格式的文件(比如.pdb),这样就可以保存下来了。

MolCalc也允许用户自己搭建服务,可以参见其GitHub仓库(https://github.com/jensengroup/molcalc).

彩蛋

在准备这篇文章的时候,笔者也发现了一些可以让用户先绘制分子平面2D结构然后转换为3D结构的服务,比如西班牙阿尔卡拉大学的 DIY molecules (https://biomodel.uah.es/en/DIY/JSME/draw.en.htm).

DIY molecules的界面展示:

diymol.jpeg

此外,关于2D转3D的工具 还可以试试

  1. MolView (https://molview.org/)
  2. NIH的Online SMILES Translator and Structure File Generator (https://cactus.nci.nih.gov/translate/)
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科研

最后修改于276天前

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  1. 沙土 276天前

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伊藤

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